Imediat după finalizarea cu mare succes a studiilor în Germania, la întoarcerea acasă, Anton Golopenția a revenit la munca monografică și a devenit editor al Revistei de Sociologie Românească în ianuarie 1937.
În acea toamnă, a devenit asistent universitar la Departamentul de Sociologie, Etică și Politică al președintelui Dimitrie Gusti și director al Institutului Social coordonat de acesta.
O altă direcție în care nu a precupețit niciun efort a fost reprezentarea cât mai bună a țării noastre la pavilionul rezervat ei la Expoziția Internațională de la Paris, din 1937. Aici, la sugestia lui Gusti, avea să fie relevată publicului o lume românească reală, departe de înfrumusețările fără temei care și atunci erau la modă. De altfel, pavilionul românesc avea să fie în atenția miilor de vizitatori ai expoziției.
Așa cum am mai spus în alte rânduri, în 1939 Golopenția s-a căsătorit cu Ștefania Cristescu, profesoară de limbă română și specialistă în folclor, ce avea să-i fie colaboratoare apropiată în scurta lor viață comună.
Așa cum este bine știut, două caractere tari sunt greu de armonizat într-o lucrare comună. Din cauza divergențelor de păreri cu privire la metodologia și scopul cercetării sociologice, Golopenția a părăsit departamentul unde a depus atâtea eforturi, dar și Institutul Social „Gusti”, în același an.
Sociologul a fost șomer până în aprilie, când a fost angajat la Institutul Central de Statistică. Aici a lucrat în echipa lui Sabin Manuilă, pe care l-a însoțit la Turnu Severin pentru negocierile cu Ungaria referitoare la schimburile teritoriale impuse de la Viena de cel de-al Treilea Reich. Este actul cunoscut în istoria românească ca „Dictatul de la Viena”.
După această extrem de complexă și deloc dorită sarcină, Golopenția a ajuns să pregătească detaliile unei alteia, de asemenea grele și ingrate. A participat la recensământul efectuat în Basarabia și nordul Bucovinei. Datele trebuiau culese cu maximă acuratețe pentru a da o oglindă reală a teritoriilor românești realipite la trupul țării din care au mai făcut parte cu decenii sau chiar un veac în urmă. În această perioadă, caracterul românesc a fost estompat de autoritățile țariste ori de conducerea Ducatului de Bucovina.
Din luna august a anului1942 până în toamna anului 1943 Golopenția a condus operațiuni pe teren în nordul Mării Negre. Cercetările științifice au fost comandate de însuși mareșalul Ion Antonescu, conducătorul de fapt al statului în acea perioadă. Aici s-a lucrat, în orice condiții, pe arșiță, ploaie ori viscol, pentru identificarea familiilor moldovenești care locuiau la est de râul Bug.
Imediat după aventura în stepele nord-pontice, unde a desfășurat ample cercetări sociologice care nu au echivalent până în zilele noastre, savantul Anton Golopenția se întoarce la București, unde se va ocupa de o altă misie la fel de complexă și de mare răspundere.
În vara anului 1944, savantul s-a întâlnit cu Lucrețiu Pătrășcanu, membru al Partidului Comunist Român. Dar, așa cum e cunoscut, în epocă, Pătrășcanu era un tip total în răspăr față de figura bolșevicului semidoct ce și-a făcut bruma de carte în laboratoarele Comsomol-ului și ale Internaționalei Roșii. Pătrășcanu era un intelectual real, care s-a alăturat mișcării muncitorești poate din naivitate, dar sigur din simpatie față de proletariat.
După ce amândoi au ajuns la concluzia că ceva trebuie făcut pentru ieșirea din dictatura lui Antonescu, Golopenția a fost rugat să susțină o schimbare a regimului, eventual lucrând în cadrul Societății Române de Radiodifuziune. El a acceptat și, imediat după răsturnarea lui Antonescu în timpul insurecției conduse de regele Mihai, la 23 august, a activat în echipa care a pregătit și finalizat dezlipirea de aliații germani și alăturarea de Armata Roșie.
Anton Golopenția a fost inclus în redacția ce edita și distribuia ziarul „România liberă”, care a publicat primele decrete ale noului regim.
În acest timp, Manuilă era membru al proaspătului cabinet și la invitat să lucreze, în calitate de director de birou, dar Golopenția a refuzat categoric orice implicare politică. Nu era omul care să facă politică activă. Era un om al catedrei și al cercetării, locuri unde credea cu convingere că poate face mai mult.
A creat o publicație de comunicare statistică, iar între toamna anului 1945 și vara anului 1946 a ajutat la completarea a zeci de documente cerute de Comitetul de Pace al Ministerului de Externe.
În august–noiembrie 1946, a fost cooptat în echipa care a mers la Paris pentru a negocia 
poziția României după război. Ajuns la Paris, la propunerea lui Lucrețiu Pătrășcanu, în calitate de statistician al delegației române la Conferința de Pace, a jucat un rol hotărâtor în negocieri.
Marea sa lucrare va sta ascunsă de ochii vigilenți ai cenzorilor comuniști cam șase decenii. Nu se putea vorbi de o populație românească autohtonă compactă în câmpiile nesfârșite ale Ucrainei. Cu atât mai mult cu cât Uniunea Sovietică era singurul stat oficial recunoscut ca stăpânind acele teritorii. Românii, considerați imperialiști, fie nu existau, fie erau deportați la capătul Siberiei, la mii de kilometri de căminele lor.
Cele două volume ale imensei lucrări Românii de la Est de Bug, semnate de Anton Golopenția, au fost publicate abia în anul 2006.
În perioada 1947–1948 ajunge să conducă, din poziția de director general, Institutul Central de Statistică. Era una din cele mai importante munci pentru prezervarea unor adevăruri ce se mai puteau salva de tăvălugul statisticii măsluite, aduse de sistemul sovietic. Munca era deosebit de grea. Specialiștii au fost epurați din funcții și au rămas doar politrucii, puși pe alte criterii decât competența.
Din acea perioadă datează câteva lucrări de reală însemnătate în domeniul statisticii demografice.
Poate fi citată Populația Republicii Populare România la 25 ianuarie 1948 [The Population of the Romanian People’s Republic on January 25, 1948], apărută la București, în anul 1948, în Probleme Economice, paginile 28–45 de Anton Golopenția și D.C. Georgescu.
După ce s-a întors în România, Golopenția a preluat funcția de director al Institutului de Statistică. Poziția rămăsese vacantă după demisia lui Sabin Manuilă. Golopenția a condus cu mare atenție recensământul din 1948. Nu a rămas pe acest post decât până în acea toamnă, când a fost demis de autoritățile noului regim comunist. Politrucii nu vedeau cu ochi buni ca o asemenea poziție să fie ocupată de un specialist neafiliat politic. Pe parcursul anului următor, a lucrat acasă, în semiclandestinitate. A fost tolerat de Miron Constantinescu, aflat la conducerea Comitetului de Stat al Planificării, care avea nevoie de știința lui Golopenția, dar nu voia să-l expună autorităților de prin cancelariile oficiale.
Întocmea documentații și lucrări ce erau apoi semnate de alții, cu mai puțină pregătire. Cei doi au mai colaborat și anterior, în diverse echipe de cercetare monografică, deci își cunoșteau reciproc valoare și corectitudinea.
Anton Golopenția a mai profitat de vacanța forțată în care a fost trimis pentru a elabora un manual al istoriei statisticii românești. Spera că va cuprinde în această lucrare toate datele statistice referitoare la istoria românilor, precum și un amplu aparat de date și comentarii critice. Aproape tot timpul și-l petrecea în biblioteca Academiei Române. Poate că, dacă vremurile erau normale și nu cu susul în jos, miile de fișe și documente studiate ar fi dus la ample lucrări ce au rămas doar în schițe nefinalizate.
Savantul a fost pus sub supraveghere în octombrie 1949. Securitatea a dibuit că era prieten cu Pătrășcanu. Acesta fusese arestat cu un an în urmă. În ianuarie 1950, Anton Golopenția a fost arestat ca martor în cazul Pătrășcanu. Anchetatorii s-au gândit că ar putea fi util în încercarea lor de a întocmi acuzațiile împotriva lui Pătrășcanu, dar Golopenția era un simplu spectator. Legăturile lor s-au dovedit a fi următoarele: el l-a ajutat pe Pătrășcanu să asiste deținuții comuniști în lagărul de internare Caransebeș. Și a luat parte la anunțarea loviturii de stat din 1944.
La început, au fost puși declarații despre Pătrășcanu un anume Belu Zilber, din grupul de tineri statisticieni cu care a lucrat la est de Bug, dar și N. Betea. Au fost aduși în discuție și cei ce aveau să fie elita emigrației române de mai târziu, pe care Pătrășcanu îi știa de la Paris (inclusiv Mircea Eliade, Emil Cioran și Mihai Șora).
Golopenția a mai fost interogat despre scrisorile pe care le-ar fi trimis unor academicieni din Apus. A fost interogat insistent în legătură cu acest episod și în privința unei alte scrisori pe care a trimis-o lui Manuilă, pe atunci în Statele Unite, prin intermediul unui diplomat italian din București. Cele trei scrisori au fost blânde și apolitice, dar anchetatorii au insistat pe ideea că se știa că Pătrășcanu intenționa să nu se întoarcă în România, lucru pe care l-a negat invariabil.
Refuzurile sale au persistat, dar, în martie, Golopenția a fost obligat să recunoască faptul că a scris în toamna precedentă un manuscris care conținea sugestii pentru un viitor guvern necomunist despre cum ar trebui reorganizată țara. În acel moment, interogatoriile s-au schimbat și a fost acuzat de activitate ostilă împotriva regimului, iar documentul pe „care l-a mărturisit”, „a fost găsit” după o anchetă dură și, evident, înscenată.
În iunie, condițiile de detenție ale lui Golopenția au suferit o îmbunătățire rapidă: a primit hârtie de scris, pe care a folosit-o pentru a-și redacta memoriile și scrisorile către familie și procurorul-șef Constantinescu. A cerut cărți de citit, inclusiv Das Kapital. După o scurtă pauză, ancheta a fost reluată, continuând până în mai 1951. Interogatoriile s-au dovedit însă prea epuizante pentru Golopenția, care deja era grav bolnav. O tuberculoză galopantă s-a dovedit fără șanse de vindecare.
Grav bolnav, a fost dus la spitalul închisorii Văcărești în august 1951, unde a murit după doar o lună. Medicul care a investigat moartea sa a remarcat că, deși cazul a fost fără speranță, ar fi trebuit să primească antibiotice. În ziua următoare, a fost îngropat în cimitirul Jilava. Nu a fost niciodată judecat sau condamnat (procesul lui Pătrășcanu a avut loc aproape trei ani mai târziu).
După reabilitarea lui Pătrășcanu, văduva sociologului, Ștefania Golopenția, a cerut același lucru și pentru soțul ei. În anul următor, a primit confirmarea verbală a reabilitării sale.
Fiica savantului a considerat de datoria sa lămurirea situației tatălui. Trăiește în exil, ca profesor filolog în Statele Unite, dar a rămas apropiată de țară. A publicat corespondența statisticianului, o parte a lucrărilor sale științifice și o colecție, de aproape o mie de pagini, a declarațiilor pe care le-a dat sub amenințare, publicată în 2001, după trei ani de cercetare.
În anul 2001, la Editura Enciclopedică a apărut, cu o introducere și o anexă de fiica învățatului, Sanda Golopenția Eretescu (n. 1940, București), volumul Anton Golopenția: ultima carte. Cartea conține textul integral al declarațiilor date de Anton Golopențiaîn din cadrul anchetei, aflate în Arhivele Serviciului Român de Informații.
În 2017, după aproape șapte decenii de la stingerea sa prematură, Golopenția a fost ales, post-mortem, membru al Academiei Române. Slabă compensație morală pentru unul dintre cei mai luminați tineri savanți pe care i-a dat începutul de secol XX românesc. Peste decenii, Anton Golopenția și prietenul său Mircea Vulcănescu aveau să se înfrățească cu Henri Stahl și Iosif Berman în memoria celor din satul Corcova, Basarabia, care nu i-au uitat și i-au desemnat Cetățeni de Onoare.
Din Prigorul natal până dincolo de Bug, avatarurile unui savant