După cum am arătat într-un episod anterior despre asediul cetății Timișoarei căderea acestei după un lung și istovitor asediu a schimbat soarta întregii regiuni dintre Dunăre și Mureș. În urma cuceririi cetății de către trupele armatei otomane cea mai mare parte a Banatului a devenit Pașalâcul Timișoara, primul beilerbei numit să conducă noua cucerire fiind un demnitar de rang înalt, Kasâm Pașa.

După ce au ocupat Banatul, otomanii au trecut la organizarea noului vilayet al Timișoarei și la integrarea noilor teritorii în tiparele administrative ale imperiului. Kara Ahmed pașa a fost însărcinat cu supravegherea recensământului fiscal (tahrir), o acțiune amănunțită de verificare și notare a tuturor veniturilor impozabile și a populației, în scopul trecerii tuturor mijloacelor de venit în proprietatea statului și a fiscului otoman.

La început garnizoana permanentă era formată din circa 250 de oșteni cu soldă, din care circa 100 de călăreți (ulufegii). Aceștia erau organizați în echipe (ode) de 8 călăreți sub comanda unui sergent. Existau două escadroane, unul format din 6 grupe și unul din patru grupe. Apoi erau azapii. Exista o formație de 75 de oameni, organizați în 3 rias de câte 20 de oameni (2 ode de câte 10 oameni) și comandanții lor și alta de 44 de oameni, organizați în 2 rias, similar. Existau circa 20 de martologi (soldați marinari creștini de pe Dunăre care erau grăniceri) și câțiva müteferiki (diverși, cu diverse specialități). În cazul confruntărilor militare aici erau detașate și alte trupe din cetățile apropiate ce puteau acorda ajutor. De-a lungul timpului garnizoana a crescut treptat după nevoi, în anul 1624 avea circa 1000 de oameni.

După cucerirea Timișoarei de către turci, informațiile despre evoluția orașului sunt destul de fragmentate și parțiale. Documentele păstrate sunt destul de puține, ce ori s-au pierdut ori poate se mai află în arhive de peste mări și țări. Nici cele existente nu sunt ușor de descifrat. Limba de cancelarie în imperiul semilunei era persana și turca osmană scrise cu un alfabet arab foarte stilizat și încifrat. Cele două limbi diferă foarte multe de ce se vorbește actualmente în Orient și în Turcia modernă.

Hărțile și vedutele publicate se bazau pe informațiile anterioare. Vedutele (desene ale peisajelor văzute dintr-o perspectivă mai mult imaginară decât reală) sunt desenate idealizat și uneori frumos împodobite și colorate, reflectă o imagine mult mai mică decât realitatea.
Cert este că cetatea a avut parte e o renovare și o oarecare modernizare după dezastrele provocate de loviturile tunurilor de asediu. Refacerea capacității de apărare a avut loc în mai multe etape. Fortificațiile au fost refăcute total în anul 1571.

Imperiul Habsburgic dar și statele aservite nu s-au mulțumit cu această stare de fapt și au încercat să recucerească Banatul ori măcar Timișoara.
În septembrie 1595 Timișoara a fost asediată de trupele lui Sigismund Báthory, însă acestea s-au retras la venirea trupelor otomane trimise în ajutor. Anul următor, în iunie. asediul a fost repetat, dar tot fără vreun succes. În 1597 habsburgii, văzând că nu reușesc pe calea armelor cauza Timișoarei au încercat cu diplomație și oferte bănești.
Au propus un tribut anual de 12 000 de scuzi (cca. 40 kg de aur fin) pentru restituirea cetății Timișoarei, dar otomanii au refuzat cunoscând valoarea strategică a acestui loc. Asediul transilvănenilor s-a reluat în octombrie și noiembrie, dar tot fără a rezolva nimic. În februarie 1600 trupele lui Mihai Viteazul sub comanda căpitanului Baba Novac au atacat Timișoara și au ars mahalalele, dar nu au asediat-o și au trecut mai departe spre Panciova. În octombrie 1603, a fost rândul lui Giorgio Basta să asedieze Timișoara, dar tot fără succes.

O schiță mai aproape de realitate a cetății și orașului a fost realizată în 1602 de Ferenc Wathay, schiță care a stat la baza unei vedute de Ludwig Förster din 1836. În imagine orașul este văzut dinspre nord-est. Se vede destul de bine castelul și zidul cu bastioanele ce-l înconjoară, Turnul Apei, forma neregulată și zidurile cu bastioane ale orașului și reședința pașei.

În timpul ocupației turcești, Timișoara era împărțită în trei zone importante: cetatea propriu-zisă, orașul din afara fortificațiilor și suburbiile. Cetatea era zona unde se afla castelul, sediul valiului (guvernatorul) și caimacamului (locțiitorul, cu grad echivalent de colonel). Orașul era zona fortificată de la nordul cetății. În mijlocul orașului se găsea Bazarul, ca oriunde în Orient, centru al comerțului înfloritor.
Suburbiile (Palanca Mare) erau la rândul lor împărțite în Orașul rascian (rascian era numele dat de habsburgi sârbilor, „raților” ortodocși) și Insula (altă insulă decât cea care proteja castelul la sud) înspre est, în fața Porții Apei. În fața castelului, spre oraș, se afla Turnul Apei. Castelul era înconjurat de încă patru turnuri de apărare, unite între ele și de cetate prin ziduri.
După legile impuse de cuceritorii musulmani doar cei ce aparțineau credinței oficiale li se permitea să trăiască în orașul din apropierea cetății. Catolicii și rascienii de credință răsăriteană trăiau în suburbii, unde își aveau bisericile proprii. Deși aceste religii erau îndeobște bine tolerate de stăpânire bisericile trebuiau să fie la o oarecare distanță astfel ca sunetul clopotelor să nu deranjeze muezinii.

Orașul era înconjurat de ziduri înalte de pământ întărite cu palisade din trunchiuri de copaci legate cu împletituri de nuiele. Deși ar putea să pară pentru cei neinițiați niște măsuri de apărare simple și primitive era destul de eficiente în fața atacurilor din exterior.
Zidurile de la apus, miazănoapte și răsărit erau protejate de o contragardă tot de pământ bătătorit, cu palisadă. Zidul de la sud era protejat de castel, iar dinspre sud-est și sud-vest erau protejate de mlaștini. Atât în fața contragărzii, cât și în fața zidurilor (inclusiv între zid și contragardă) existau șanțuri adânci, alimentate cu apă din canalele Timișelului (ce va deveni ulterior Bega).
Zidurile orașului aveau 5 porți de acces ce făceau legătură cu cele mai importante drumuri în toate direcțiile.
Horos Kapî / Poarta Cocoșului, spre nord-vest,
Azab Kapî / Poarta Azapilor spre est,
Soukapî / Poarta Apei, spre sud-est
Kuciuk Kalle Kapî / Poarta Mică a Cetății spre sud,
Kana Kapî/ Poarta Sângelui spre vest

Contragarda avea și ea patru porți: Poarta Cocoșului, Poarta Sedi Pașa, Poarta Osman Aga și Poarta Pașa Agalelor. În Palanca Mare se intra prin Poarta Podului Lung Basculant (în nord-vest, în dreptul Porții Cocoșului, Poarta Forforos, Poarta Martoloz și Poarta Vămii (în nord-estul cartierului. În Palanca Mică se intra prin Poarta Belgradului.
Zidurile și contragarda aveau bastioane. În partea de nord-est era bastionul arsenalului de artilerie. Poarta Apei era apărată de bastionul Porții Apei. Bastionul Arsenalului era flancat de bastionul de la Poarta Azapilor și de bastionul Ali Pașa. Pe latura de nord erau bastioanele Azig Pașa și al Cocoșului. În partea de vest erau bastioanele Yamak și cel al Turnului Sângelui. Existau două bastioane de o parte și de alta a Porții Mici a Castelului și alte două bastioane în colțurile sudice ale zidurilor ce apărau castelul. În a doua jumătate a secolului al XVII-lea au fost executate contragarda și fortificațiile palăncilor și se consideră că de atunci datează și denumirile de Palanca Mare și Palanca Mică.

În anul 1686 cetatea Timișoara se pregătea de noi bătălii.
Un inventar al armamentului nota existența a 54 de piese de artilerie, din care 3 balimezuri, 1346 de puști, 402 de arcuri cu 11 760 de săgeți, 5156 de grenade și altele. În prima jumătate a anului 1688 au fost reparate din nou fortificațiile. Între toamna lui 1689 și primăvara lui 1690, cetatea Timișoarei a fost supusă unui lung asediu din partea imperialilor, care până la urmă s-au retras. Este dovada clară că militarii și meșterii tocmiți la muncă au făcut o treabă trainică.
În perioada anilor 1692–1693, fortificațiile au fost din nou reparate și cetatea a fost aprovizionată cu armament. În toamna lui 1695 sultanul Mustafa al II-lea a vizitat Timișoara și a organizat o expediție de cucerire a cetății Lipova. Armamentul cetății cucerite, între care 6 balimezuri, a fost adus la Timișoara.
În 1696 imperialii habsburgi, sub conducerea principelui elector de Saxa, Frederic August, au asediat din nou Timișoara, însă au fost înfrânți de oastea turcească venită în ajutor, după care fortificațiile au fost din nou refăcute. Deși fortificațiile erau mereu reparate, ele erau de pământ cu parapete de lemn masiv văruit, incapabile să reziste tunurilor din secolul al XVIII-lea. Dintre clădiri, doar castelul, moscheile și zidurile din jurul castelului și cetății (partea de sud a orașului, cetatea angevină), erau din zidărie, restul construcțiilor erau din lemn, fapt care a favorizat numeroase incendii.

Între 1660–1664 Timișoara a fost vizitată de mai multe ori de cărturarul și geograful Evliya Çelebi( Derviş Mehmed Zilli).
În scrierile sale sale de călătorie, Çelebi a descris cu amănunt tot ce a văzut dar a dat și sfaturi acolo unde vedea că ceva nu corespunde cu modul de trai turcesc. A mai insistat asupra obligativității construirii unei djamii sau case de rugăciuni (mesdjid) în orice loc fortificat. Acest lăcaș reprezenta nucleul oricărei așezări musulmane, deși uneori avea dimensiuni simbolice. Cu excepția câtorva lăcașuri de cult din Timișoara (patru djamii și un mesdjid), care erau finanțate în parte cu sume plătite direct de vistieria otomană, celelalte lăcașuri de cult funcționau datorită instituției islamice a vakif-ului (fundație religioasă). Constituite din inițiativă privată, aceste fundații aveau atât un rol religios, de mântuire a sufletului, cât și un rol social, de ajutorare a săracilor aflați în nevoie, îndeplinind din cele mai vechi timpuri un rol echivalent serviciilor sociale așa cum sunt înțelese în zilele noastre.

Foarte interesante sunt datele oferite de călător despre Timișoara cu a văzut-o cu simțul său de om umblat prin tot imperiul. În 1660 scrie în „Cartea călătoriilor” că avea peste 36.000 de locuitori care locuiau în 10 suburbii din jurul cetăţii. Aceasta avea la rândul ei o garnizoană de 10.000 de soldaţi. Despre cetate Celebi scrie că avea în interiorul fortificaţiilor 1200 de case, peste 400 de magazine, 4 băi publice, 7 şcoli, 3 restaurante şi 3 ateliere de confecţii.
Un alt călător ce a vizitat aceste locuri în perioada stăpânirii otomane a fost austriacul Henrik Ottendorf, membru al soliei austriece la paşa de Belgrad din anul 1663, condusă de către ambasadorul baron von Goes.

Ottendorf a făcut descrieri ale celor văzute pe tot drumul său de la Viena la Belgrad în anul 1663. Toate impresiile sale de călătorie sunt adunate într-o carte foarte importantă pentru descrierea părții Banatului. Tot Ottendorf a realizat una din ele mai detaliate planșe (vedute) ce reprezintă cetatea și orașul la vremea aceea.
Ottendorf se pare că fost cooptat în misiunea diplomatică militară în calitate de spion militar. Personaj cu un foarte acut spirit de observaţie și al descrierii Henrik Ottendorf a cutreierat prin toate fortificaţiile otomane pe undea mers solia şi a sintetizat elementele definitoriii ale acestora. Informaţiile sale au fost foarte bine apreciate de către generalul Montecucolli, membru al statului major imperial, pe mâna căruia au şi ajuns în anul 1667. Timp de decenii textul şi desenele lui Ottendorf au constituit baza pregătirilor logistice imperiale pentru marea ofensivă ce se va declanşa spre finele secolului.
Poate și aceste însemnări de călătorie dar cu vădit caracter militar să fi ajutat la cucerirea cetății ce avea să vină în toamna anului 1716.